В 1839 г., на пути из Риги в Лондон на паруснике, Вагнер стал свидетелем бури, произведшей на него большое впечатление. В 1840 г. композитор написал черновой вариант текста оперы, взяв сюжет из опубликованной в 1834 г. новеллы Генриха Гейне «Мемуары господина фон Шнабелевопского». Этот вариант Вагнер продал директору Парижской оперы, и в следующем году состоялась премьера оперы композитора Луи Дича, написанной на этот текст. Сам же Вагнер доработал текст и написал свою музыку примерно за семь недель.
Премьера «Летучего голландца» состоялась 2 января 1843 года в Дрезденской Придворной опере под управлением автора и имела умеренный успех. Партию Сенты исполняла Вильгельмина Шрёдер-Девриент. В последующие годы опера ставилась и в других городах: Риге и Касселе (1843), Берлине (1844), Цюрихе (1852), Праге (1856) и т. д. Вагнер неоднократно возвращался к опере в течение своей жизни — в 1846 и 1852 г. он переработал инструментовку, в 1860 г. расширил увертюру. С 1870 г. опера шла в европейских театрах в переводе. Первая постановка «Летучего голландца» в рамках Байройтского фестиваля состоялась только в 1901 г. под управлением Феликса Моттля.